En pleno auge psicoanalítico se llegó a pensar en el autismo como una forma de esquizofrenia cuyo origen debía buscarse en la influencia de unos padres poco comunicativos, distantes e incapaces de proporcionar el cariño necesario.

Actualmente no se puede aceptar la base psicológica del autismo ante la sólida evidencia de su base orgánica, proporcionada por estudios genéticos, neurofisiológicos, neuropatológicos, neuroradiológicos y bioquímicos.

Aunque no hay una causa única conocida del autismo, hay pruebas que indican que el autismo puede ser causado por una variedad de problemas:

· Influencias genéticas en el autismo: hay una mayor probabilidad que dos gemelos monocigóticos (idénticos) tengan autismo que dos gemelos dicigóticos. En el caso de los gemelos monocigóticos, hay una coincidencia en el 100% de los genes; mientras que con los gemelos dicigóticos, hay una coincidencia del 50% de los genes, que es la misma que se da entre hermanos que no son gemelos. En un estudio se identificaron a 11 familias en las cuales el padre tenía autismo. En las 11 familias, había un total de 44 hijos, de los cuales 25 fueron diagnosticados con autismo.

· Virus: existe un riesgo aumentado de tener un hijo autista si la madre estuvo expuesta al virus de la rubéola durante el primer trimestre del embarazo. El citomegalovirus también se ha asociado con autismo. Además, se especulaba que los virus asociados con las vacunas como el de la vacuna contra la rubéola y el componente pertussis de la inyección DPT, pueden causar autismo. Un estudio publicado recientemente en una revista médica de enorme prestigio (The Lancet) ha llegado a la conclusión de que no hay evidencias que apoyen la hipotética relación entre la vacuna de la rubéola, viruela y sarampión, y el autismo. 

· Toxinas y la contaminación ambiental.

· Anormalidades físicas. Se han encontrado diferentes anormalidades cerebrales en las personas afectadas por la enfermedad, aunque no se conocen las causas de estas anormalidades y su influencia sobre la conducta. Se realizaron exámenes en cerebros de autistas y se localizaron dos zonas que estaban subdesarrolladas (amígdala e hipocampo) que son las zonas identificadas como responsables de las emociones, la agresividad, los estímulos sensoriales y el aprendizaje. 

· Alteraciones bioquímicas: muchos individuos autistas tienen niveles elevados de serotonina en sangre y en líquido cefalorraquídeo pero otros lo tienen disminuido. Es importante saber que otros trastornos, como el síndrome de Down, también se asocian con niveles anormales de serotonina. También algunos individuos autistas tienen niveles elevados de endorfinas, considerada  como un analgésico natural, lo que puede provocar una tolerancia aumentada al dolor.

· Sistema inmune: los investigadores han visto que muchas personas autistas tienen una menor cantidad de linfocitos T, que son los que ayudan al sistema inmune a combatir la infección. Creen que una infección viral o una toxina ambiental pueden ser responsables de la enfermedad por los daños al sistema inmune.

Con el tiempo podremos estar en una situación en la que todos, o casi todos los casos de autismo demuestren estar asociados a un trastorno biológico.