Aunque la razón es una se utiliza para conocer diferentes ciencias, en cada una aplicándose de una forma. Descartes dice que esta razón, que es una y la misma, ha dado resultados increíbles a las matemáticas mientras que en la filosofía todo son teorías contradictorias, por lo que pretende encontrar el uso correcto de la razón para construir la filosofía (conocimiento de la realidad).

                Descartes analiza el funcionamiento de las matemáticas; distingue dos modos de conocimiento:

                  1. Intuición. Captación inmediata de conceptos, ideas, principios, verdades simples y evidentes que proceden de la propia razón, innatas, no hay posibilidad de duda o error.
                  2. Deducción . Consiste en establecer relaciones o conexiones entre unas verdades simples y evidentes y otras. Para llegar a verdades más complejas, teorías o teoremas.

                Para usar correctamente estos modos de conocimiento crea las reglas del método:

  1. Evidencia. Admitir como verdadero sólo lo evidente. Aquello que se presenta al espíritu con total claridad y distinción donde no cabe posibilidad de duda o error, ya sea por intuición o deducción.
  2. Análisis. Reducir lo complejo a lo simple, lo evidente (intuición).
  3. Síntesis. Progreso de lo simple, evidente a lo complejo (deducción).
  4. Enumeración y comprobación. Asegurarse de no haber intuido o deducido erróneamente.

Al llevar este método a la filosofía parte de la evidencia introduciendo la duda, momento analítico del método, duda de todo en busca de verdades absolutas. Cuestiona:

  1. Falacias (mentiras que pretenden pasar por verdad) de los sentidos, puesto que nos engañan a veces, es lógico dudar de su veracidad. Rompiendo las teorías que tenían en cuenta el mundo sensible.
  2. La imposibilidad de distinguir la vigilia del sueño. Los sueños sabemos que son irracionales al compararlos con la vigilia, pero el hecho de no poder comparar esta con la realidad no nos permite afirmar que la vigilia es nuestra realidad extramental. Deja sin fundamento las ciencias empíricas.
  3. el genio maligno. Hipótesis sobre un espíritu de extremado poder que se entretiene haciéndonos errar y concebir pensamientos disparatados como verdaderos. Derrota las ciencias formales.

Descartes enuncia como primera verdad absoluta logito, ergo sum = pienso, luego existo: se puede dudar de todo menos de que se duda, por lo tanto pienso, por lo tanto existo. Este se trata de un criterio de certeza que dará paso al descubrimiento de nuevas verdades.

Del análisis de la primera verdad se deduce el pensamiento piensa ideas, aquí reside el gran giro de toda la filosofía moderna. Ahora hay una primacía del sujeto sobre el objeto, el pensamiento recae en las ideas. En las que distingue dos aspectos:
  1. las ideas como actos mentales o modos de pensamiento. Pensamientos del sujeto pensante.
  2. las ideas en cuanto a su contenido objetivo o su realidad objetiva. Difieren en cuanto a su contenido y posible origen; mineral o vegetal, finito o infinito, etc.

Y clasifica las ideas como:
  1. Adventicias. Ideas que parece que proceden de nuestra experiencia exterior: árbol, mineral...
  2. Facticias . Ideas que parece haber construido la mente a partir de otras ideas: centauro...
  3. Innatas. Ideas que el pensamiento posee en sí mismo: yo, pensamiento, existencia... como primera verdad entre las ideas innatas está el infinito, niega que se trate de una idea facticia (in + finito) puesto que sin la idea innata de infinito no podríamos conocer la significación de finito, limitado. Descartes identifica esta idea de infinito, ilimitado, perfecto en dios.