Otro grave obstáculo al enjuiciamiento por delitos cibernéticos es el hecho de que los delincuentes pueden destruir fácilmente las pruebas cambiándolas, borrándolas o trasladándolas. Si los agentes del orden operan con más lentitud que los delincuentes, se pierde gran parte de las pruebas; o puede ser que los datos estén cifrados, una forma cada vez más popular de proteger tanto a los particulares como a las empresas en las redes de computadoras.

Tal vez la criptografía estorbe en las investigaciones penales, pero los derechos humanos podrían ser vulnerados si los encargados de hacer cumplir la ley adquieren demasiado poder técnico. Las empresas electrónicas sostienen que el derecho a la intimidad es esencial para fomentar la confianza del consumidor en el mercado de la Internet, y los grupos defensores de los derechos humanos desean que se proteja el cúmulo de datos personales archivados actualmente en ficheros electrónicos.

Las empresas también recalcan que la información podría caer en malas manos, especialmente en países con problemas de corrupción, si los gobiernos tienen acceso a los mensajes en código. «Si los gobiernos tienen la clave para descifrar los mensajes en código, esto significa que personas no autorizadas -que no son del gobierno- pueden obtenerlas y utilizarlas», dice el gerente general de una importante compañía norteamericana de ingeniería de seguridad.