Para definir la configuración de apache tenemos dos opciones:
- Fichero httpd.conf
- Fichero .htaccess

Primero de todo comentaremos qué efectos tiene cada uno de los ficheros sobre la configuración del dominio.

En el caso del fichero httpd.conf estamos definiendo una configuración global para todos los dominios que se alojen en el servidor donde se encuentra dicho fichero. En el caso del fichero .htaccess sólo se modificará la configuración del dominio en el cual esté alojado éste.

Cuando apache debe devolver una página web, en primera instancia lee el archivo httpd.conf, y en segunda instancia el archivo .htaccess, con lo cual siempre tendrá prioridad el segundo.

Pasamos a comentar unos cuantos detalles de cada uno de los ficheros de configuración:
Fichero httpd.conf:
En este fichero está incluida toda la configuración de apache, siempre y cuando no tengamos la configuración en varios ficheros, de forma distribuida, (la distribución de linux Suse, instala apache por defecto en varios ficheros), para principiantes recomiendo un solo fichero, si se es un usuario más avanzado recomiendo el uso de ficheros separados.

NOTA: En el caso que el archivo de configuración esté distribuido en varios archivos, dentro del fichero httpd.conf tendremos indicada la ruta a cada uno de los ficheros y los parámetros que podremos modificar en ellos. Por defecto apache carga la configuración que esté definida en todos los ficheros que tengan extensión ".conf".

Fichero .htaccess:
Este fichero se ubica en el directorio raiz donde esten los archivos de la página web. Mediante éste podremos definir parámetros específicos para el dominio que lo aloja. Es muy usado en los hostings, dado que evidentemente no pueden dejar que los usuarios cambien la configuración del archivo httpd.conf según las necesidades de su dominio.

Finalmente comentaremos un par de propiedades que nos podría interesar cambiar mediante el fichero .htaccess.

Un ejemplo sería la codificación de la página web. Pensemos por ejemplo que el hosting que hemos contratado tiene configurado que nuestras páginas están codificadas mediante UTF-8, con lo cual los navegadores interpretarán el contenido según ésta codificación. Si en cambio nosotros queremos utilizar la codificación ISO-8859-1 debemos "sobreescribir" esta propiedad, por lo tanto incorporaremos la siguiente sentencia en el archivo .htaccess:
AddDefaultCharset ISO-8859-1

Otra característica muy utilizada en los ficheros .htaccess es la que nos permite cambiar propiedades de PHP, con lo cual no tendremos que tener acceso al fichero php.ini para poder configurar ciertas características. Para cambiar una propiedad de PHP utilizaremos la siguiente sintaxis:
php_flag "nombre propiedad" "valor"

Por ejemplo, para indicar a apache que deseamos cargar las sesiones a través de una cookie en vez de pasarlos por la url debemos usar el siguiente comando:
php_flag session.use_only_cookies on

Como vemos, el fichero .htaccess es una herramienta muy potente que se pone a disposición del administrador de la página web para poder personalizar el servidor apache que nos ofrece el hosting que contratemos.

En las siguientes secciones nos centraremos en las propiedades que podemos modificar dentro del fichero httpd.conf, aún así gran parte de ellas están disponibles también para el fichero .htaccess. Si queremos comprobar la compatibilidad de estas para el fichero .htaccess solo debemos dirigirnos a la página http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/directives.html y buscar las especificaciones para cada una de las directivas que necesitemos usar. En las características de la directiva se indica si se puede usar en el fichero .htaccess o no.