En este aspecto se puede mencionar lo siguiente:

1. - Los datos incluidos en los presupuestos están basados en estimaciones o pronósticos,  es decir, se debe considerar la posibilidad de error en las estimaciones como un factor adicional, al analizar las diferencias entre los datos reales y los presupuestados.
2. - Un sistema presupuestario no puede implantarse de improvisto, para su uso en condiciones satisfactorias son necesarios ciertos requisitos básicos, dentro de los cuales el factor tiempo y experiencia acumulada tiene un papel preponderante.
3. - La limitación más importante se deriva de la circunstancia de que el control presupuestario, es una herramienta de la dirección de la empresa. Es decir, no debe pensarse que la suplanta de alguna manera sino que es su mejor auxiliar.
4. - Toma tiempo y costo su preparación.
5. - No se debe esperar resultados demasiado pronto.
6. - Su ejecución no es automática, es necesario que el personal de la empresa comprenda la utilidad de esta herramienta.
7. - Una de las principales limitaciones que enfrenta la elaboración del presupuesto, es la falta de información contable en forma adecuada y oportuna.
8. - En muchos casos la administración empírica de la empresa, hace que el presupuesto sea solo un documento de simple estimación y no de aplicación y control.