Como ya se ha mencionado en párrafos anteriores, el proceso es altamente participativo lo que implica que las 21 juntas parroquiales, las autoridades de cada parroquia, los  líderes comunitarios, así como, hombres mujeres y niños del sector rural, participen activamente y en forma directa, en las asambleas zonales en las que se priorizan proyectos y se nombran delegados a la Asamblea Parroquial de definición del presupuesto participativo parroquial. También está abierta la posibilidad de la participación directa de cualquier persona, no únicamente de los líderes, autoridades y delegados comunitarios.  Las asambleas parroquiales, inician con el Informe de la Junta Parroquial sobre los resultados de la ejecución del presupuesto del año anterior; la Comisión de Veeduría presenta también su informe; se conocen y discuten los resultados de las asambleas zonales; y, se realiza la priorización parroquial, en base a la cual, se formula el presupuesto participativo; por último, la Asamblea Parroquial, nombra o ratifica a la Comisión Parroquial de Veeduría y seguimiento del proceso.

Cabe mencionar que, la Municipalidad de Cuenca, no participa directamente en las Asambleas Parroquiales con el objeto garantizar que éstas, sean espacios de autonomía y libre expresión de cada parroquia, evitando interferencias institucionales o de carácter político que pudieran darse. La Municipalidad ha asumido roles como la asesoría y capacitación a las juntas parroquiales y a líderes parroquiales en temas como: planificación, criterios de identificación y priorización de proyectos, conducción y facilitación de asambleas, aspectos que, a no dudarlo, en poco tiempo, han formado una capacidad instalada y liderazgo de las juntas y de los lideres parroquiales para la conducción del proceso.

Adicionalmente y con el objeto de coordinar y hacer los ajustes administrativos que un proceso de estas dimensiones requiere, así como, para posibilitar el intercambio de experiencias entre parroquias, se realizan reuniones periódicas en las que participan: el Alcalde, los Directores Municipales, los Presidentes de la Juntas y otros miembros o delegados parroquiales. En estas reuniones se discuten y acuerdan políticas, procedimientos administrativos, se adoptan medidas para la solución a problemas que se presentan en la ejecución de proyectos, así como, constituyen espacios de concertación en los que se comprometen, tanto la Municipalidad, como los actores parroquiales, a realizar los ajustes necesarios; en unos casos, éstos son ejecutados en forma inmediata, en tanto que otros acuerdos, se los incorpora el año siguiente, por medio de decisiones administrativas. Lo expresado es pues una muestra evidente de lo innovador del proceso, el mismo que requiere de ajustes permanentes, de acuerdo a su propia dinámica.