A continuación se expondrá una serie de vicios que se podrían producir en la práctica.

- Bolsas de plástico o de papel parcialmente cerradas.
- Bolsas con cierre de seguridad: descripción errónea, no lacradas y falta de individualización
- En el proceso de lacrado: inexistencia de cinta adhesiva, firmas y sello de la autoridad judicial o policial.
- En el trámite de recepción de indicios para su análisis en el laboratorio forense:

- Inexistencia de libros consecutivos.

- Inexistencia de hojas de control para determinar las condiciones en que ingresó el  embalaje al Laboratorio.

-   Acta de apertura:

- Inexistencia detallada de embalajes y su contenido.

- Ausencia de testigos de apertura.

 - Falta de embalaje interno.

- Embalaje externo: inexistencia de lacrado, sellado o el lacrado presenta rupturas o  alteraciones.

 - Falta de cierre con cinta adhesiva en cada una de las aberturas del recipiente (sobres, cajas, bolsas),

- Omisión de escribir encima de la cinta el nombre de la persona responsable del levantamiento.

- El nombre de la persona responsable del levantamiento presenta alteraciones, borraduras, tachaduras o cualquier situación que produzca ilegibilidad de las letras o el nombre.         

- Inexistencia de sellos de seguridad en bolsas de evidencia (bolsas plásticas con cadena de custodia impresa).

- Bolsas de evidencia con etiquetas de cadena de custodia impresa, estas últimas en blanco o con información relevante incompleta.

- Embalajes externos sin boleta de cadena de custodia.

-  Bolsas de evidencia sin sellar o con sellado o lacrado insuficiente, trasladadas del sitio del suceso desde su recolección hasta el laboratorio.

-  Manipulación de la evidencia en el sitio del suceso por parte de terceros, extraños o curiosos.

-  Desprendimiento, alteraciones o borraduras de la boleta de cadena de custodia del embalaje externo.

- Transporte de los indicios materiales al Laboratorio Forense sin embalajes externos, sellado o lacrado.

-  Traslado de la evidencia por parte de un particular.

-  Inconsistencia tanto en la descripción como en la numeración de las diferentes muestras con la solicitud de dictamen criminalístico y las respectivas boletas de cadena de  custodia

-  Enviar la evidencia por medio de correo.

- Embalaje no adecuado: produce alteración, destrucción o contaminación.

- No se recolectan los indicios con las técnicas adecuadas, lo que produce alteración, contaminación o destrucción.

- Desconocimiento en la aplicación de las técnicas adecuadas en las diferentes etapas de cadena de custodia.

- Preservación no realizada en el sitio del suceso: en casos aislados en la sede de la Policía Judicial se realiza  el proceso de lacrado o sellado.

- Almacenamiento de la evidencia en lugares no controlados, es decir en lugares de acceso libre.

-  Entrega no controlada: en el proceso de transporte o traslado no se logra determinar a donde estuvo la evidencia, en que tiempo y por qué, he aquí podría cuestionarse si estuvo pérdida, si fue alterada entre otros.

- Mezcla de indicios en un mismo embalaje, lo cual podría producir contaminación.

- Mala manipulación de la evidencia una vez embalada: un tubo de ensayo con muestras  de sangre y que por la manipulación el citado tubo sufre ruptura.

- No documentación de la recolección de la evidencia: no se confecciona acta de inspección ocular y recolección de indicios, informe policial o de inspección ocular,    fotografía, planimetría y en algunos casos videos.

- No uso de la protección adecuada para la manipulación de la evidencia: no uso de guantes, trajes plásticos o de tela, cubre bocas. Lo anterior persigue que el operador no  contamine el sitio  ni él se contamine con la escena.

- Entrega controlada: ausencia de tarjeta de cadena de custodia durante todo o parte del traslado de la evidencia por las diversas dependencias judiciales.

- En la hoja de cadena de custodia no aparece el nombre del funcionario de la Fiscalía que   recibió la evidencia procedente del Laboratorio Forense.

- No documentación en el sitio: falta de descripción detallada de los indicios forenses, ubicación, lugar, hora, quién la recolectó, donde se envía entre otros.

Los anteriores vicios producirán una ruptura a la cadena de custodia, originando algún problema de sustitución, destrucción, adulteración, contaminación en la estructura física del indicio material, por ende se estaría en presencia de una prueba ilegítima.