Calienta el aceite a una temperatura de unos 45ºC. Vierte el metóxido en el aceite mientras se bate, y sigue agitando la mezcla durante 50 ó 60 minutos. La reacción suele completarse en media hora, pero es mejor batir durante más tiempo. Ten en cuenta que el metóxido se evapora a 62ºC y que la transesterificación tambien produce algo de calor, así que ajusta bien la temperatura del aceite para que cuando empieces a mezclarlo no sobrepase la temperatura limite, o sería peligroso y podría faltar metóxido para completar la reacción.

Para procesar grandes cantidades puedes usar un taladro, firmemente sujeto, que haga girar una hélice o un mezclador de pintura. Un exceso de revoluciones produce salpicaduras y burbujas y perjudica al resultado final. Para conseguir un buen resultado ajusta la velocidad, la forma de la hélice o su tamaño.

Reposo y separación

Deja que la mezcla repose y se enfríe por lo menos durante ocho horas, preferiblemente un dia. Aunque al cabo de pocos minutos debería empezar a estratificarse. La glicerina formará una masa gelatinosa en el fondo y el biodiesel estará flotando encima. La glicerina semilíquida es de color marrón oscuro y el biodiésel es del color de la miel. Una vez reposado, separa las dos partes decantandolo o, en cantidades grandes, sacándolos por un agujero en el fondo del deposito a través de un tubo transparente. Mira el tubo todo el tiempo, y cuando termine de salir la glicerina y empiece a salir biodiésel cambia la salida del tubo de un recipiente a otro. Si cae algo de biodiésel en el recipiente de la glicerina es fácil recuperarlo cuando la glicerina se espesa.

Una vez obtenido el biodiesel, su temperatura de combustión ronda los 150ºC, asi que es mucho menos peligroso y más estable, pero no pruebes a acercar una llama.