Son pocas las gemas que no tienen ninguna característica óptica reconocible en su interior. Son consideradas como puras. La pureza juega un papel especialmente importante en el diamante.

Hasta hace pocos años se consideraban como fallos a las irregularidades del cristal. Ya que esto equivale siempre a una devaluación, no siempre justificada, se habla actualmente de inclusiones.

Relativamente frecuentes son las inclusiones de minerales, del propio mineral, ej.: diamante en diamante, o de otro, Ej. Zircón en zafiro, en este último ejemplo se dice que el zafiro es el cristal hospedador.

Las inclusiones orgánicas se encuentran en el ámbar. Restos vegetales e insectos son una prueba directa de la existencia de vida hace más de 50 millones de años.

Muchos  tipos de inclusiones son tan características que con su ayuda pueden reconocerse sustituciones y gemas sintéticas.