La Ley de Autonomía ha sido modificada por la Ley 12/1998, que adapta la operativa del Banco de España a la organización del SEBC. A partir de la entrada en vigor de la última ley, entre las  funciones del Banco destacan:

Operaciones de política monetaria y control del sistema de pagos

El Banco de España ejecuta la política monetaria de acuerdo con las decisiones adoptadas por el Consejo de Gobierno del Sistema Europeo de Bancos Centrales y conforme a las instrucciones emitidas por el Comité Ejecutivo de dicho Sistema. En la ejecución de esta política se pueden utilizar esencialmente las siguientes actividades:

- Realizar operaciones de crédito con entidades sometidas a su supervisión. Si el Banco de España aumenta sus líneas de crédito a los bancos y entidades que supervisa, incrementa el dinero para préstamos y, en consecuencia, crece la cantidad de dinero en manos del público. En cambio, si reduce sus facilidades crediticias a las entidades, decrece la liquidez en el sistema financiero.

- Operaciones de mercado abierto consistentes en comprar, vender, prestar o tomar prestados valores u otros instrumentos  financieros. La adquisición de valores o activos sirve para inyectar liquidez (dinero) en el sistema financiero; la cesión de dichos instrumentos supone, por el contrario, una detracción de fondos líquidos del sistema (véase el Caso práctico 2).

- Mantenimiento de un coeficiente de reservas mínimas (antiguo coeficiente de caja). Este coeficiente es un porcentaje de los pasivos bancarios computables que las entidades de crédito deben mantener en cuentas abiertas en los bancos centrales nacionales (en nuestro caso, el Banco de España), siguiendo instrucciones del Banco Central Europeo (BCE). Desde el 1 de enero de 1999, el coeficiente de reservas sustituye al coeficiente de caja del Banco de España, cuya función era similar.

El Reglamento del BCE considera pasivos computables para dicho coeficiente los siguientes instrumentos de captación de fondos bancarios: depósitos, valores de deuda emitidos por las instituciones de crédito e instrumentos del mercado monetario. Se excluye del cómputo el dinero recibido de otros bancos centrales o del BCE.

El coeficiente de reservas mínimas (CRM) es del 2% de los mencionados pasivos computables (0 % sobre depósitos con vencimiento o con preaviso de disposición superior a dos años, o sobre los fondos obtenidos mediante colocación de títulos con pacto de recompra).

El CRM es un instrumento de política monetaria, ya que al aumentar, se reduce la liquidez (los bancos tienen menos dinero para prestar), y al disminuir, se incrementa el dinero para prestar. Por otra parte, la necesidad de cumplir el coeficiente de reservas mínimas obliga a las entidades de crédito a obtener fondos en el mercado interbancario si en un momento dado los tienen prestados; de ese modo se regulan los tipos de interés en el mercado (véase el Caso práctico 3). Los fondos que se mantienen en el Banco de España como reservas mínimas se remuneran al tipo de interés medio para las operaciones principales de financiación del Eurosistema.

En materia de medios de pago, los bancos centrales nacionales, junto con el BCE, están facultados para poner en circulación billetes de banco de la Unión (emisiones de euros), conforme las decisiones adoptadas por el Consejo de Gobierno del SEBC.

- Regular los mercados interbancarios y de divisas. El Banco de España, del mismo modo que otros bancos centrales  del  Eurosistema, regula los mercados interbancarios y de divisas, y  gestiona los correspondientes sistemas de  liquidación  compensación.