Cada niño es único, por lo que cada tratamiento debe ser individual, basado si es posible en los resultados de laboratorio clínico. Sin embargo a continuación se muestra un protocolo de atención para autismo, que es muy general.

-  Limpiar la Dieta: No gluten, caseína, colorantes, aditivos dañinos, y glutamato monosódico, reducción de azúcar, alimentos a los que exista alergia o intolerancia. 

-  Realizar análisis de laboratorio, si es posible, para determinar presencia de cándida o bacterias, péptidos, anormalidades metabólicas, metales tóxicos, etc. 

-  Ácidos grasos esenciales Omega 3 , combinado con aceite de hígado de bacalao, si hay alergia puede ser aceite de linaza.

-  Complejo de multivitaminas sin cobre y sin dosis altas de vitamina B6 en el mismo suplemento. 

-  Enzimas digestivas con los alimentos: Peptizidas, Complejo de Enzimas vegetales con DPPIV de Houston nutraceuticals, o Creon 

-  Vitamina B6. Dosis a determinar por el médico de 10 a 15mg por kilo de peso por día. 

-  Calcio y Magnesio. 1000mg de calcio por 300 mg de magnesio 

-  Lactobacilos, probióticos 

-  Nistatina, u otro antimicótico de prescripción si existe sobrepoblación de Cándida y agentes antimicóticos naturales de mantenimiento como ácido caprílico, aceite de orégano, ajo.

-  Flagyl cuando exista bacteria del tipo clostridia. Recetada por el médico. 

-  Antioxidantes: Vitamina C buferada, Vitamina E, Glutatión, Coenzima Q10, Zinc, Selenio.

-  Aminoácidos, especialmente Taurina 

-  Tratamiento de quelación si existen metales pesados 

Algunos pacientes toman ácido fólico, otros Vitamina B12, Taurina, secretina, otros no toman Vitamina A, todo esto se va implementando poco a poco para ir checando reacciones positivas o negativas y por eso unos no toman alguna y la sustituyen por otra, en fin, eso lo va determinando el médico responsable. Es recomendable utilizar un multivitamínico que no incluya dosis altas de vitamina B6, pues ésta última se deberá incluir en el tratamiento lentamente por el médico. Se recomienda no tomar suplementos que utilicen endulzantes artificiales con nutrasweet o sucralosa, por provocar reacciones adversas. Puede ser utilizado Xilitol como endulzante natural 

Cada niño es único, por lo que cada tratamiento debe ser individual, basado si es posible en los resultados de laboratorio clínico.

Sin embargo a continuación se muestra un protocolo de atención para TDAH, que es muy general.