Los objetivos fundamentales de la auditoría son entre otros, los siguientes:

- Evaluar el control de la actividad administrativa y sus resultados.

- Examinar las operaciones contables y financieras y la aplicación de las correspondientes disposiciones legales, dictaminado sobre la racionabilidad de los resultados expuestos en los estados financieros, así como evaluar cualesquiera otros elementos que, de conjunto, permiten evaluar la eficiencia, economía y eficacia en la utilización de los recursos.

- Prevenir el uso indebido de recursos de todo tipo y propender a su correcta protección.

- Fortalecer la disciplina administrativa y económico-financiera de las entidades mediante la evaluación e información de los resultados a quien corresponda.

- Coadyuvar al mantenimiento de la honestidad en la gestión administrativa y a la preservación de la integridad de los trabajadores. 14

A escala internacional, es propósito de los auditores, actuar como agentes del cambio y, por tanto, es su responsabilidad estar a la vanguardia del cambio.

Las prácticas de auditorías, posibilitaran obtener información sobre la eficacia y eficiencia del Sistema de Control Interno, proporcionando recomendaciones para su fortalecimiento si correspondiera.

De las experiencias que a diario se van acumulando, resulta un tanto sorprendente las faltas graves, que en materia de auditoría y control interno padecen las empresas e instituciones, tales como:

- La falta de cumplimiento de las normas básicas y fundamentales en materia de control interno.

- La ausencia de amplitud de conceptos en cuanto al patrimonio a proteger, y de los métodos e instrumentos de análisis a ser utilizados por los auditores internos.

- La poca planificación y prevención en lo relativo tanto al control interno, como al accionar de la auditoría interna. Por ello no es de sorprenderse ver a los auditores tratando de analizar qué es lo que salió mal, por qué y qué hacer para evitar su repetición, cuando lo correcto es actuar preventivamente y llegar a la causa o raíz del problema.

- Por otra parte, aspecto importante a cuestionar en las auditorías es que la misma sea percibida como una entidad dedicada sólo a la inspección (bajo una perspectiva policíaca), y no al asesoramiento con el objetivo de proteger y mejorar el funcionamiento de la organización.

Es importante significar que sólo el dirigente que reconozca la necesidad de considerar la empresa como un conjunto de sistemas interrelacionados y entrelazados, habrá descubierto la clave para entender cómo opera realmente la empresa.

La auditoría interna tradicional pone todo su acento en los activos físicos, derechos y obligaciones de las instituciones cuando de custodia de activos o patrimonios se trata; dejando en parte desprotegido los activos tan importantes como son los clientes y la satisfacción de los mismos, el personal y su nivel de satisfacción, el personal y su capital intelectual, y la calidad de los bienes y servicios producido por las empresas.

La auditoría interna es una parta importante del control de la administración. Cuando requiere una evaluación de los resultados de esta, el trabajo de los auditores internos puede ser usado para proporcionar una seguridad razonable de que los controles están funcionando adecuadamente.
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14 Decreto Ley No. 219/01 del Ministerio de Auditoría y Control.