Aquí se realizan los más importantes procesos digestivos. La diferenciación del intestino en delgado y grueso se inicia en anfibios. Desdoblamiento de sustancias complejas y absorción de los más simples. Posee 4 capas:

a) túnica serosa,
b) túnica muscular,
c) submucosa,
d) túnica mucosa.

INTESTINO DELGADO: Después de salir del  estomago el alimento pasa a este intestino a través del esfínter pilórico. El cual se relaja cuando los movimientos peristálticos del estomago comprimen el contenido acido en el segmento inicial del intestino delgado. En esta región continua la digestión, generalmente en un medio alcalino.

INTESTINO GRUESO: Porción final del intestino delgado. Desde donde termina el íleon hasta el orificio anal y pueden distinguirse el colon y el recto. Colon: porción más ensanchada. Forma de letra "U" invertida. En el tramo hacia delante: colon ascendente Colon transverso. Colon descendente conecta con el recto. No es estricta en todos los vertebrados. Apéndice vermiforme en mamíferos. Conecta con el ciego intestinal (es corto y para absorción de agua). Colon con pliegues anulares, pliegues transversales y semilunares. Se forman constricciones llamados austros. La región final del intestino grueso es el recto y desemboca en el ano. Región en la que se encuentran: esfínteres de fibras lisas y estriadas. Mamífero con austros en el recto. Si no hay ano, en su lugar hay una Cloaca. PECES: Los que se alimentan de material  vegetal tienen el intestino más largo. En todos excepto en teleósteos la 1ª parte es una válvula espiral. Intestino valvular desemboca en el corto intestino grueso y termina en el recto. Intestino grueso diámetro menor que el intestino delgado. En tiburones hay glándulas rectales. Límite marcado por válvula circular o rodete. Peces pulmonados con ciego cloacal. Ciego cloacal + ciego pilórico + válvula espiral = aumento de superficie total del intestino. lHígado y páncreas se abren en el duodeno. Mediante conducto biliar común y conducto pancreático. Intestino grueso desemboca en cloaca.

ANFIBIOS: Pliegues transversos se proyectan a la luz del intestino. En anuros: intestino con vellosidades. Intestino delgado más largo q en peces. Está enrollado y pasa bruscamente en un saliente denominado válvula iliocoliaca al intestinogrueso, recto y termina en cloaca.

REPTILES: Intestino más largo. lc/ numerosos pliegues y vellosidades cónicas. Intestino grueso + grande que el delgado. Ciego cólico en la unión de ambos segmentos. Una válvula iliocecal los separa. Intestino grueso desemboca en una cloaca.

AVES: La superficie del largo y apretadamente enrollado intestino delgado esta cubierto por vellosidades. El intestino grueso es corto y recto y tiene un diámetro menor que el intestino delgado. Un par de ciegos cólicos surgen en la parte posterior del intestino grueso antes de desembocar en la cloaca.

MAMÍFEROS: Intestino dividido claramente en un intestino delgado, largo y estrecho, y en el grueso, más corto y ancho. El duodeno es una continuación del estomago pilórico y desemboca en el conducto biliar común y el conducto pancreático en una elevación denominada ampolla de Váter. El segundo tramo del intestino delgado, el yeyuno, carecen de glándulas de Brunner. El último tramo, el íleon es mas largo y se caracteriza por la presencia en su pared de nódulos linfoides agregados que constituyen las placas de Peyer. Longitud total del intestino varia según el organismo; en el hombre 6m, en caballo 21m, etc. La presencia de vellosidades van disminuyendo hasta desaparecer en el intestino grueso. El íleon comunica con el colon a través de la válvula ileocecal. Presenta una dilatación denominada ciego. El colon doblado, presentando un colon ascendente, transverso y descendente. El ultimo segmento del intestino grueso, el recto, esta sujeta a la pelvis mediante tejido conjuntivo liso. La pared del intestino presenta las denominadas glándulas intestinales Existe una interrelación entre las enzimas segregadas por las glándulas, las segregadas por las del páncreas ayudando a desintegrar las sustancias alimenticias para ser absorbidas después. En el colon todavía se da la absorción de sustancias alimenticias y el agua de los desechos. Recto se abre al exterior a través del ano, revestido de epitelio escamoso análogo a la piel. Alrededor del ano presencia de numerosas glándula.