El sitio tiene varias caras complementarias entre sí. Por una parte, es una imponente fortaleza, un cerro amurallado con enormes contrafuertes. Posiblemente este carácter defensivo se fue acentuando en los últimos tiempos antes de su abandono. Pero La Quemada sirvió también como refugio temporal para los aldeanos que ocupaban el valle a su alrededor. Aún se sabe poco sobre la población que vivía permanentemente en el lugar.

Aunque es muy probable que se haya formado alguna élite que planeara y dirigiera los trabajos para levantar las  construcciones importantes.La gran mayoría de las obras en La Quemada parece haber tenido un uso ceremonial, propio de un gran santuario, que podemos dividir en tres partes: una sorprendente red de calzadas alrededor y dentro del sitio, una parte destinada a recibir a grandes aglomeraciones y una serie de espacios de acceso restringido.La Quemada está al centro de una gran red de calzadas rectas que irradian hacia el valle. El visitante puede aún distinguirlas al subir a la parte alta del cerro y divisar las líneas rectas que marcan la vegetación sobre grandes distancias.



Estas calzadas pudieron haber servido para proteger a la población del valle al favorecer el rápido despliegue de los guerreros o el retiro de los aldeanos hacia la loma amurallada. Es muy probable que otra de las funciones de dichas calzadas haya sido encauzar las grandes peregrinaciones. Las solemnes ceremonias que aquí se llevaban a cabo estaban presididas por una asamblea de sacerdotes y guerreros que se reunían en la famosa Sala de las Columnas, que ocupa el lado este.

La Quemada fue abandonada en el siglo ix, junto con una parte importante del territorio chalchihuiteño y en general de toda la Mesoamérica septentrional. Más tarde, sobre sus ruinas se instalaron pobladores con una cultura muy distinta, los zacatecos. Siglos después, desde las primeras entradas de los españoles a estas tierras, sus aliados mesoamericanos reconocieron en estas soberbias construcciones abandonadas la legendaria Chicomóztoc, el lugar de las Siete Cuevas de donde sus antepasados decían proceder.

Ahora, los trabajos arqueológicos vienen a confirmar en gran medida esta identificación. En efecto, sabemos que los chalchihuiteños fueron los tolteca-chichimeca que según la memoria histórica indígena salieron de Chicomóztoc, migraron al sur y se aliaron con otros pueblos para dar sustento a la poderosa y pluriétnica ciudad de Tula. Consigo habían traído de las tierras chalchihuiteñas del norte la "guerra florida" y el tzompantli, la imagen del chac mool, los oráculos y la Sala de las Columnas.

Posteriormente estas tierras norteñas fueron densamente envueltas en las brumas del tiempo. Frente a las adversidades incontrolables y ante las grandes derrotas que sufrió la Mesoamérica septentrional, la memoria histórica se hizo olvidadiza y se diluyó en el mito.