Hacia 1958 las investigaciones desarrolladas por el doctor Charles Di Peso, con apoyo de la Fundación Amerind, permitieron establecer una cronología para el lugar, integrada por tres periodos básicos: el periodo Viejo (10000 a.C.-1060 d.C.); el periodo Medio (1060-1475), y el periodo Tardío (1475-1821). En la región, el periodo Viejo es un largo camino de evolución cultural. Es el tiempo de la cacería y la recolección, que mantuvo a los hombres buscando su alimento a través de estas grandes extensiones por cerca de 10 000 años, hasta que empezaron a practicar los primeros cultivos, hacia el año 1000 antes de nuestra era. Más adelante, con base en una tradición de arquitectura de tierra que se desarrolló en el noroeste de México y el suroeste de los Estados Unidos, surge Paquimé, con pequeñas aldeas de cinco o más casas semisubterráneas y una casa grande, el espacio ritual, rodeado de patios y plazas.

Son los tiempos en que comienza a darse el intercambio de conchas y de turquesa que los comerciantes traían de las costas del océano Pacífico y de las minas del sur de Nuevo México, respectivamente. Tiempos en que en Mesoamérica nacía el culto a  Tezcatlipoca. Posteriormente, muy temprano durante el periodo Medio, un grupo de líderes que había asumido el control del manejo del agua, y que se había emparentado a través de pactos y de alianzas matrimoniales con los sacerdotes más importantes, decidió establecer un espacio ritual que a la postre se constituiría en el centro de poder del sistema regional.

El desarrollo de las técnicas agrícolas impulsó el crecimiento de la ciudad, y en un proceso que tomó cerca de trescientos años se construyó, floreció y colapsó uno de los sistemas de organización social más relevantes del noroeste de México. Paquimé amalgamó en su vida cotidiana elementos de las culturas del norte (por ejemplo, la Hohokam, la Anazasi y la  Mogollón), tales como la arquitectura de tierra, las puertas en forma de paleta y el culto a las aves, entre otros, con elementos de las culturas sureñas, en particular de los toltecas de Quetzalcóatl, como el juego de pelota. La soberanía territorial de Paquimé dependía fundamentalmente de los recursos naturales que brindaba su entorno.

 Así, obtenía la sal de las áreas del desierto de dunas de Samalayuca, que constituía su límite de influencia hacia el este; del oeste, de las costas del océano Pacífico, provenía la concha para el comercio; hacia el norte estaban las minas de cobre de la región del río Gila, y hacia el sur el río Papigochi.

Así, el término Paquimé, que en lengua náhuatl significa "Casas Grandes", se refiere tanto a la ciudad como a su área cultural específica, de modo que incluye las maravillosas pinturas rupestres del área de Samalayuca, que representan las primeras imágenes del pensamiento americano, el valle ocupado por la zona arqueológica y las cuevas con casas de las montañas, que son muestras significativas de la presencia del hombre en estos ambientes aún hoy tan hostiles.